Hasil penetasan yang rendah dapat disebabkan banyak faktor, diantaranya penanganan telur yang salah, proses didalam mesin tetas, dan gangguan penyakit yang sangat kompleks. Manifestasi atau gejala yang muncul bisa bermacam-macam.Didalam mesin tetas sering terjadi kasus telur pecah atau bahkan meletus. Kadang-kadang hanya berupa kerabang retak, lalu cairan didalamnya melelh keluar. Berikut penyebab telur pecah atau meletus didalam mesin tetas :
- Telur terkontaminasi bakteri. Telur yang terlalu lama berada diluar mesin tetas bisa kembali terkena mikroorganisme, walaupun sudah didesinfeksi. Metabolisme mikroorganisme didalam telur menyebabkan timbulnya panas dan gas yang dapat membuat telur meledak pada saat proses penetasan, Karena itu, ruang penetassan perlu dijaga kebersihan dan kesterilanya.
- Saat telur diambil dari kandang sering terdapat cemaran pada telur, seperti tertempelnya kotoran ayam, tanah atau bekas pakan. Kotoran menjadi tempat bersembunyinya mikroorganisme.
- Membersihkan telur dengan tidak benar. Membersihkan telur menggunakan peralatan berbahan logam atau spon merupakan cara yang tidak benar. Logam atau ampelas dapat mengikis lapisan kutikula kerabang yang berfungsi sebagai pelindung bagian dalam. Terkelupasnya lapisan ini membuat pori-pori telur melebar, sehingga pada suhu tinggi telur mengalami dehidrasi, tetapi saat lembap telur dimasuki uap air dari udara. Disamping itu, mikroorganisme juga menjadi lebih gampang masuk kedalam telur.
Sementara spon merupakan alat yang terlalu lemah untuk dijadikan sebgai pembersih permukaan telur. Dengan demikian, kotoran tidak dapat tersapu dengan sempurna. Benda yang paling sesuai sebagai pembersih permukaan telur adalah sabut kelapa karena teksturnya lembut tetapi memiliki kekuatan sapuan yang bagus.
Telur sering direndam dalam air untuk memudahkan penglepasan kotoran. Tetapi, perendaman yang terlalu lama dapat membuat air merembes kedalam telur sehingga mikroorganisme masuk kedalam telur. Selain itu, jangan membersihkan telur dengan air hangat karena dapat membunuh embrio. Embrio akan mati dalam waktu 3-4 jam jika terkena suhu 46 C. Jangan lupa untuk membersihkan telur menggunakan desinfektan. - Terjadi infeksi mikroorganisme pada mesin tetas. Telur adalah bahan biologis yang sangat disukai mikroorganisme karena mengandung protein yang tinggi. Karena itu, proses desinfeksi mesin tetas tidak cukup dilakukan hanya dengan mencuci telur menggunakan desinfektan, tetapi harus dilakukan dengan cara fumigasi. Hal ini disebabkan pencucian tidak akan mampu menjangkau celah-celah kecil didalam rak.
Sumber pencemar mesin diantaranya pecahan telur atau kerabang, bulu-bulu DOC, serta cairan embrio dan bangkai DOC yang telah mati terlebih dahulu akibat infeksi. Mikroorganisme yang tertinggal didalam mesin tetas akan sangat cepat menginfeksi DOC yang baru menetas, karena kondisinya memang masih sangat rentan. Dampak langsungnya adalah terjadinya omphalitis pada pusar DOC yang dapat menimbulkan kematian.
